bioconda，run sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

其他的安装

conda install bwa

Or a new environment can be created:

conda create -n aligners bwa bowtie hisat star

在打开终端的时候自动 执行了 conda activate base 就会出现(base)

去掉（base) 输入 conda deactivate

原理，暂时不清楚。。。

 软件包管理器是方便软件安装、卸载，解决软件依赖关系的重要工具。
  RedHat分支、
  windows也有软件包管理器，scoop，winget，chocolatey，推荐使用scoop
  rpm: Redhat Package Management；
  yum:Yellow dog Updater Modified ；
  apt：Advanced Packaging Tool；
 <li>Centos、RedHat使用yum包管理器，软件安装包格式rpm</li>
 <li>Debian、Ubuntu使用apt包管理器，软件安装包格式为deb</li>

  rpm 安装软件包处理依赖多，一个小版本的差异都不行。

-rpm 常见命令参数 i,e(erase),q（query)

  相比于rpm解决了依赖的毛病；
  yum源在国外，嫌弃它慢，可以使用国内镜像。alibaba.com那边的。

  -  /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo
  - wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo    http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-7.repo

•   源代码编译安装
   -     wget https://openresty.org/download/openresty-1.15.8.1.tar.gz
   -     tar -zxf openresty-VERSION.tar.gz              （解压 解包）
   -     cd openresty-VERSION/ 
   -     ./configure --prefix=/usr/local/openresty  （配置环境)
   -     make -j2                                                     (gcc 编译）
   -     make install
  

  进程控制 && 进程的作业控制 && 进程之间的通信

    程序运行调度的最小单位...

•   ./a.sh & 执行后台任务
  

•   jobs: 查看后台任务获取编号
  

•   fg 编号:调到前台
  

•   bg 编号:调到后台
  
    ctrl z 将进程挂起
    需要在同一个终端操作。nice 值控制进程获取资源的的级别。
  

    nohup 与 & 配合使用。

    其实所谓的服务管理工具就是封装了原本程序自己的启动，关闭，重启命令是么？
    作者回复: 好处是不用去记每个启动命令、参数及配置文件。

cd /usr/lib/systemd/system
vim sshd.service --查看服务文件
cd /lib/systemd/system --服务文件目录
ls -l runlevel*.target --查看服务文件映射

• Hard link (ln sourceFile destFile)

通常要求文件和链接位于同一文件系统中 Hard link与源文件几乎没有区别, 只能通过ls -li看出link关系 删除源文件后, Hard link文件仍然存在,保留了源文件的内容

• Symbol link (ln -s sourceFile linkFile)

可以指向文件夹和不在同一磁盘的文件 删除源文件后, Symbol link仍然存在, 但是内容不存在

• 链接数目 (hard link)

对于文件而言, 代表链接的数量; 对于目录而言, 指的是命名的目录项, 目录项中的 . 以及子目录中的 ..

Linux Performance

http://www.brendangregg.com/linuxperf.html

Install and Configure SAR

For Debian/Ubuntu

# sudo apt-get install sysstat

For RedHat/CentOS

sudo yum install sysstat

#sudo vi /etc/default/sysstat ENABLED="true"

UNIX的哲学：一条命令只做一件事
为了组合命令和多次执行，使用脚本文件来保存需要执行的命令
赋予该文件执行权限(chmod u+rx filename)

 bash ./filename.sh
 ./filename.sh
 source ./filename.sh
 .filename.sh

可以用type 来查看

• 内建命令不需要创建子进程
• 内部命令对当前Shell生效

执行shell脚本的时候，可以为shell脚本带上更多的参数

• 一个进程默认会打开标准输入、标准输出、错误输出三个文件描述符
• 输入重定向符号 " <"
  • read var </path/to/file
• 输出重定向符号 ">" ">>" "2>" "&>"
  • echo 123 > /path/to/a/file
• 输入和输出重定向组合使用
  • cat > /path/to/a/file << EOF
  • I am $USER
  • EOF

一般使用输入输出重定向到系统文件，需要备个份哈。

• wc -l < /etc/passwd

• read var < a.txt

• echo $var

• > 原有内容会清空

• >> 追加

• 2> 错误重定向

• &> 全部重定向

字面意义，元意(meta-meaning)

• #注释
• ;分号
• \转义符号
• "和'引号

单个字符前的转义符号

• \n \r\t 单个字母的转义
• $ " \ 单个非字母的转义

• 赋值运算符
  • + - * // ** %
  • 使用expr进行运算
  • 数字常量的运算

• 算数运算符

• 数字常量
• 双圆括号
  • 是let命令的简化

• sed 的基本工作方式
  • 将文件以行为单位读取到内存（模式空间）
  • 使用sed的每个脚本对改行进行操作
  • 处理完成后输出该行

• 数字，第几次出现才进行替换
• g, 每次出现都进行替换
• p 打印模式空间的内容
  • sed -n 'script' filename 阻止默认输出
• w file 将模式空间的内容写入到文件

默认对每行进行操作,增加寻址后对匹配的行进行操作

• /正则表达式/s/old/new/g
• 行号s/old/new/g
  • 行号可以是具体的行，也可以是最后一行$
• 可以使用两个寻址符号，也可以混合使用行号和正则表达式

• 寻址可以匹配多条命令
• /regular/ { s/old/new/;s/old/new/ }

• 可以将选项保存为文件，使用-f加载脚本文件
• sed -f sedscript filename

https://www.gnu.org/software/sed/manual/sed.html 英文文档

• AWK更像脚本语言
• AWK用于"比较规范"的文本处理，用于统计数量并输出指定字段
• 使用sed将不规范的文本，处理为"比较规范"的文本
• AWK脚本的流程控制 - 输入数据前例程BEGUN{} - 主输入循环{} - 所有文件读取完成例程END{}

• 赋值操作符
• 算数操作符
• 系统变量
• 关系操作符
• 布尔操作符

• FS和OFS字段分隔符，OFS表示输出的字段分隔符
• RS记录分隔符
• NR和FNR行数
• NF字段数量，最后一个字段可以用$NF取出

• 条件语句使用if开头,根据表达式的结果来判断执行哪条语句
• 如果有多个语句需要执行可以使用{}将多个语句括起来

• 数组的定义
• 数组的遍历
• 删除数组
• 命令行参数数组

序列操作

/etc/init.d/functions /etc/profile 系统文件变量 ~/.bashrc bashrc 执行顺序 .bash_profile

平时使用时，source命令导入就行。

1. 反义互补

$ echo 'ATTGCTATGCTNNNT' | rev | tr 'ACTG' 'TGAC' ANNNAGCATAGCAAT

2. 将fasta文件分割成多个文件，一个文件一个fasta序列

   csplit -z -q -n 4 -f sequence_ test.fa />/ {*}

3. 同时你也可以用awk来使用 awk '/^>/{s="NC_029256"++d".1.fa"} {print > s}' test.fa awk '/^>/{s=++d".fa"} {print > s}' test.fa

只用一行来颠覆你处理文件的方式

cut命令的选项

Cut基本语法：

cut OPTION... [FILE]...

选项：

有点儿意思

1. 脚本编程

tar -zvxf cmake-3.14.5.tar.gz
$ cd cmake-3.14.5
$ ./bootstrap
$ ./configure --prefix=/home/xxx/cmake            !!!注意，要在自己用户名下的目录配置，如果不加--prefix会默认在root目录下配置，这样后面make install时没有sudo权限会失败
$ make
$ make install

kill -STOP 1234 将该进程暂停。

如果要让它恢复到后台，用kill -CONT 1234 （很多在前台运行的程序这样是不行的）

如果要恢复到前台，请在当时运行该进程的那个终端用jobs命令查询暂停的进程。

然后用 fg 〔job号〕把进程恢复到前台

1. command& 让进程在后台运行

2. jobs 查看后台运行的进程

3. fg %n 让后台运行的进程n到前台来

4. bg %n 让进程n到后台去；

   PS:"n"为jobs查看到的进程编号

5. 以下命令在后台执行 root 目录下的 runoob.sh 脚本： nohup /root/runoob.sh &

查看进程

-> % ps
  PID TTY          TIME CMD
 2683 pts/1    00:00:00 zsh
 2726 pts/1    00:00:00 dgram_servr
 2930 pts/1    00:00:00 ps

查看cpu的位置

-> % taskset -p 2726
pid 2726's current affinity mask: 3

选定cpu

-> % taskset -pc 1 2726
pid 2726's current affinity list: 0,1
pid 2726's new affinity list: 1

git rm -r --cached . // 删除本地缓存
git add . // 添加要提交的文件
git commit -m 'update .gitignore' // 更新本地的缓存

// In general, the two expressions drinks[i] and *(drinks + i)
// are equivalent

int drinks[] = {4, 2, 3};
printf("1st order: %i drinks\n", drinks[0]);
printf("1st order: %i drinks\n", *drinks)

Array variables can be used as pointers…

使用不同的格式控制符可以输出不同类型的整数，它们分别是： %hd用来输出 short int 类型，hd 是 short decimal 的简写； %d用来输出 int 类型，d 是 decimal 的简写； %ld用来输出 long int 类型，ld 是 long decimal 的简写。

char str1[] = "http://c.biancheng.net";
char *str2 = "c语言编程网";

一种形式的字符串所在的内存既有读取权限又有写入权限，第二种形式的字符串所在的内存只有读取权限，没有写入权限。printf()、puts() 等字符串输出函数只要求字符串有读取权限，而 scanf()、gets() 等字符串输入函数要求字符串有写入权限，所以，第一种形式的字符串既可以用于输出函数又可以用于输入函数，而第二种形式的字符串只能用于输出函数。 权限不一样，从sysstdin读取的权限高且多些。

make可以做得更多，但是我们没有空间在这里讨论。关于 make的更多信息和功能，请浏览 GNU Make Manual： http://tinyurl.com/yczmjx

// 将换行符前面的所有字符清空，scanf("%c");将最后的换行符清空 scanf("%[^\n]");scanf("%*c");

scanf("%*[^\n]%*c"); 这是错误的。合并以后的语句不能清空单个换行符，因为该语句要求换行符前边至少要有一个其它的字符，单个换行符会导致匹配失败。

scanf() 控制字符串的完整写法为： %{*}{width}type

逻辑运算符和其它运算符优先级从低到高依次为： 赋值运算符(=) < &&和|| < 关系运算符 < 算术运算符 < 非(!)

1. 赋值是有次序的，可以给部分元素赋初值，当（）中的值少于元素个数时，只给前面的元素赋值；当赋值的元素少于数组总体元素时，剩余的元素自动赋值？

二维数组在概念上是二维的，但在内存中地址是连续的，也就是说存储器单元是按照一维线性排列的。

• 按行排列，一行又一行
• 按列排列，一列又一列

如果希望读取的字符串中不包含空格，那么使用scanf()函数；如果希望获取整行字符串，那么使用gets函数，它可以避免空格的截断。

是C语言特有的功能，它是对源程序正式编译前预处理程序完成的， 实际上是对资源的distribution 宏喜欢先进行符号替换

数据和代码都以二进制的形式存储在内存中，计算机无法凑够格式上区分某块内存存储的是数据还是代码。当程序杯加载到内存中，操作系统会给不同的内存块指定不同的权限，拥有读取和执行的权限的内存块就是代码，而拥有读取和写入权限的内存块就是数据。

CPU只能通过地址来取得内存中的代码和数据，如果任意访问，就会出错。 无论指针还是取地址符(&)，解引用(*)啥的，理清楚源头，探明其精微，大概就清楚怎么用了。

https://blog.csdn.net/synapse7/article/details/10260339

行指针和列指针

https://zhuanlan.zhihu.com/p/337273222

贪吃蛇

https://knightyun.github.io/2018/04/24/c-gluttonous-snake#home