整理了一些我所知道的和基因组学相关的工具，可能不全面，欢迎补充

• Celera Assembler: 最具代表性的工具

• Minia
• SPAdes: 细菌基因组常用
• ALLPaths-LG
• SOAPdenovo: 华大出品

• falcon: PacBio专用组装工具
• Canu: 老牌工具，资源消耗大
• MECAT: 高效的三代组装工具
• MECAT2: PacBio专用组装工具
• NECAT: Nanopore专用组装工具
• NextDenovo: 可用于Nanopore的组装工具
• FLYE
• SMARTdenovo
• WTDBG2: 不对原始数据纠错,快速的组装工具
• Shasta: Nanopore组装工具

GFA是目前组装比较认可的格式

• GFA格式声明
• Gfakluge: GFA操作工具
• Bandage: 全平台GUI可视化工具
• GfaViz: 命令行的可视化
• AGB: Linux分析，网页展示

• Pilon: 利用二代进行polish
• Racon: 利用三代进行polish
• NextPolish: 利用二代进行polish
• Medaka: 利用三代对nanpore进行polish

• purge_haplotigs
• HaploMerger2
• Redundans

使用遗传图谱，光学图谱，Hi-C和物种间共线性对contig进行scaffold的工具

• SALSA: 高效率，能纠错使用GFA信息
• HiCAssembler: 借鉴了3D-DNA
• 3D-DNA: 搭配JuicerBox效果极佳（但是速度有点慢）
• ALLHiC: 多倍体HiC组装
• LACHESIS: 古老的工具，已不再维护

• Bionano Solve: BioNano提供的一系列分析脚本工具
• BIONANO ACCESS: BioNano提供的网页工具
• OMSV: 基于光学图谱鉴定SV
• OMTools: 光学图谱数据处理，分析和可视化

• ALLMAPS: 可以整合多张图谱做一套比较好的染色体组装

• BUSCO
• CEGMA
• LAI

• RepeatModeler
• RepeatMasker
• EDTA
• LTRpred

• 从头预测

  • AUGUSTUS
  • SNAP
  • GeneMark

• 注释流程

  • Braker2
  • MAKER

• wgd

• LAST
• LASTZ
• MUMMER
• minimap2

• dotPlotly

• STRUTURE
• Admixture
• lostruct